Suite à la contamination de transfusés par le virus du Sida , alors qu'elle était ministre des Affaires sociales et de la Solidarité nationale, georgina dufoix a été mise en cause dans l'affaire du sang contaminé avec Laurent Fabius et Edmond Hervé, son ancien secrétaire d'État chargé de la Santé. Après avoir été ministre dans le premier gouvernement Rocard, Georgina Dufoix est attaquée par diverses associations et la polémique sur la contamination de transfusés par le virus du VIH s'accroît dans la presse. Le procès des ministres quand il eut lieu en février et mars 1999, intervenait plusieurs années après la condamnation de l'ancien directeur du Centre national de transfusion sanguine, Michel Garretta, et trois autres médecins pour tromperie (1992-1993). Laurent Fabius et Georgina Dufoix ont été relaxés le 9 mars 1999 de l'accusation d'homicide involontaire. La totalité des acteurs de cette époque, médecins, administratifs, politiques n'ont pas été jugés coupables au motif que les connaissances scientifiques de l'époque ne permettaient pas de prendre d'autres décisions (1985 : la séropositivité était considérée par certains scientifiques comme un signe de protection ou même une immunité contre le sida).
La formule « responsable mais pas coupable » qu'elle employa pour sa défense sur TF1 en novembre 1991 est restée fameuse.
Ce scandale a occasionné, outre de nombreux débats publics et manœuvres juridiques, une révision constitutionnelle qui remplace la Haute Cour de justice par la Cour de justice de la République (CJR).
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